Issu d'une longue histoire, les CGA permettaient à leurs adhérents soumis à l'impôt sur le revenu de bénéficier d'avantages fiscaux tel qu'un abattement de 20 % sur les revenus qui s'est transformé ultérieurement en une non majoration de 25 %. 

Les entreprises soumises au régime réel sur option bénéficiaient en plus d'une réduction d'impôt égale au montant des frais de comptabilité dans la limite de 915 €.

Ces avantages se sont réduits petit à petit, limitation de la réduction d'impôt au 2/3 des frais de comptabilité, puis perte de la non majoration des revenus. Les non-adhérents ont même obtenu fin 2023 une non majoration rétro-active pour les exercices non prescrits.

La dernière loi de finances vient de supprimer totalement le dernier avantage fiscal des CGA/OMGA : La réduction d'impôt pour adhésion à un CGA/OMGA.